La iniciativa fue impulsada por Alberto Rougés y Ernesto Padilla. El instituto finalmente inició sus actividades en 1930.
Un 11 de diciembre de 1930 nació el Instituto Dr. Miguel Lillo, sobre la base de un legado instituido a favor de la Universidad Nacional de Tucumán por el eminente sabio y naturalista tucumano, Miguel Ignacio Lillo, nacido en Tucumán el 26 de julio de 1862.
El Archivo Histórico de Tucumán difundió a través de una publicación que ante gestiones de hombres como Alberto Rougés y Ernesto Padilla, el científico donó a la U.N.T. sus estupendas colecciones de botánica y zoología, su biblioteca y la propiedad en la que se encontraban, con la condición de que fueran administradas por una Comisión Asesora Vitalicia.
Al fallecer el 4 de mayo de 1931, se integraron el Instituto Universitario y la Fundación que llevan su nombre, organismos que concretó una labor científica de renombre internacional hasta nuestros días.
